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祝贺美吉客户在《BMC Genomics》上发表菘蓝转录组文章

项目文章2016-10-17

近日,由第二军医大学与上海美吉生物合作完成的菘蓝转录组研究成果“Biosynthesis of the active compounds of Isatis indigotica based on transcriptome sequencing and metabolites profiling”发表在了著名学术杂志《BMC Genomics》上。文章首次对菘蓝转录组进行了测序,并通过基因功能注释确定了与其活性化合物生物合成代谢通路相关的基因。

背景:菘蓝又名板蓝根,在中国传统医学中,是一种广泛应用于感冒、发烧、流行性感冒的中草药。目前,菘蓝中很多不同结构的化合物已经被确认为有效成分。但是在基因水平,我们对这些活性成分知之甚少。本研究首次对菘蓝转录组进行了测序,得到了菘蓝转录组的综合数据库。

 



菘蓝

结果:通过转录组测序,共得到了36,367个unigenes(平均长度为 1,115.67 bases)数据库。基于转录组的基因注释结果,本研究确认有104个unigenes参与了吲哚、萜类化合物、苯丙烷一般生物合成途径中绝大多数的催化步骤。随后,我们研究了参与这些代谢通路的基因在器官特异性表达模式和他们对茉莉酮酸甲酯诱导与否的表达差异响应。对于效应性苯丙烷的代谢产物分析表明次生代谢产物的积累大部分与其生物合成基因的转录相关。根据对UDP-依赖性糖基转移酶(UGT)家族的分析,证实几种黄酮类物质存在于菘蓝中,并利用超高效液相色谱(UPLC/Q-TOF)通过新陈代谢图进一步证实了这一结论。此外,根据转录组共表达分析的结果,九种新的、假定的糖基转移酶(UGTs)被预测为黄酮醇糖基转移酶和木酚素糖基转移酶。

结论:这个数据库提供了菘蓝中参与效应性代谢产物生物合成的候选基因。此外,对于重要通路的综合分析和表征,可以让我们更好地理解菘蓝这种中草药化学组分多样性、合成特点及其调节机制。

文章链接:http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/857

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