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基因组测序 de novo基因组测序 小基因组测序

小基因组测序 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

      小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等,由于这些基因组大小通常小于1M,因此统称为小基因组。基于高通量测序技术,对小基因组进行全基因组测序,可以得到其全基因组序列,并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列,对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等;对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、与宿主的相互作用等。

美吉优势

      拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,保证高质量的数据;

      拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供最佳的测序解决方案和快速的分析平台;

      拥有专业的分析团队,全面的分析内容,提供全面和高质量的基因组解析结果;

产品类型

     小基因组扫描图:构建Illumina PE(400bp)文库,利用Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序,de novo 组装后进行生物信息分析;

     小基因组完成图:构建PacBio(~10K)文库,利用Pacbio RS II平台测序,de novo 组装后获得基因组完成图并进行生物信息分析;


实验流程


生信分析流程


生信分析内容


1、承诺指标

       小基因组扫描图:基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度大于98%;单碱基平均错误率低于十万分之一;

      小基因组完成图:0 GAP,1 contig;单碱基平均错误率低于十万分之一;


2、项目周期

       小基因组扫描图:20-25个工作日;

      小基因组完成图:45-55个工作日;


3、送样要求

       1) 样品类型: DNA;

       2) 样品需求量:小基因组扫描图:基因组DNA ≥2μg ;小基因组完成图:基因组DNA ≥10μg;

       3) 样品浓度:≥30ng/µL;

       4) 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染;

       5) 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输;


美吉合作案例一:褐藻Saccharina japonica叶绿体全基因组结构特征及其比较基因组分析

本文对褐藻Saccharina japonica的叶绿体进行全基因组测序,研究了其结构特征;同时构建了含有40种叶绿体蛋白的数据集和26种叶绿体蛋白的数据集,基于两种数据集与Fucus vesiculosus和Ectocarpus siliculosus的叶绿体基因组进行了比较基因组分析。

 

S. Japonica的叶绿体基因组圈图


美吉合作案例二:大豆的线粒体基因组测序研究

 大豆线粒体基因组根据酶切多态性可以分为四类,且有4.8kb的大片段重复,基因组大小约392kb。目前,豆科植物中,绿豆(Vigna radiata)、百脉根(Lotus japonicus)和水黄皮(Millettia pinnata)线粒体基因组已被测序,这些基因组都比大豆简单。本文对大豆线粒体基因组进行测序,结果显示大豆线粒体基因组结构是目前种子类植物中最复杂的,而且大豆核基因组、线粒体、叶绿体基因组之间存在DNA的水平转移。

 

大豆线粒体基因组圈图


参考文献

[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.

[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.


小基因组de novo测序样品DNA要求?

        小基因组样品制备过程容易受到核基因组、宿主基因组等污染,污染严重会对后续基因组拼接带来一定程度的影响。

        1) 对于线粒体/叶绿体DNA最好能提供纯化后的叶绿体、线粒体DNA样品或者长片段PCR产物;如果待测线粒体/叶绿体基因组有相似性80%以上的近源参考序列,也可以提供总DNA进行测序;

        2) 病毒基因组最好能先纯化病毒后再提取基因组,减少宿主污染;

        3) 质粒DNA样品,需要提供质粒的宿主菌基因组序列信息,后续通过比对去除宿主菌污染再进行拼接;



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