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蛋白质组学和代谢组学 定性蛋白质组学 胶条鉴定/混合溶液鉴定

胶条鉴定/混合溶液鉴定 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

          利用LC-MS/MS技术对单一胶条(SDS-PAGE)、IP/Co-IP/Pull-down纯化溶液等中等复杂样本进行蛋白鉴定。


                   单一胶条样本                                                                 Co-IP蛋白溶液

实验流程


                                                   

技术平台

      Orbitrap Fusion Tribrid,Triple TOF 5600, Q-Exactive

技术优势

      高灵敏度,高准确性

      适用于中度复杂的蛋白质样品,可以作为研究相互作用蛋白的数据基础

      一般可以鉴定几十至几百种蛋白

应用领域

      相互作用蛋白的鉴定

      混合蛋白的鉴定




生信分析

     

送样要求

样品类型

样品要求(/组样品)

SDS-PAGE条带

考马斯亮蓝染色,条带清晰可见

蛋白质溶液

蛋白质总量≥20µg


案例:利用蛋白质组学技术探索植物激素极性运输机制

      植物激素的极性运输受到PIN-和ABCB/PGP分布的调控。PIN的极性由AGC蛋白酶-PINOID(PID)的调控,而ABCB则通过与FKBP42和TWISTED DWARF1(TWD1)的相互作用发挥作用。研究者利用co-IP结合shotgun LC-MS/MS技术,发现了PID与TWD1的相互作用。并且证实PID通过磷酸化作用调控TWD1/ABCB复合物的的活性,进而调控植物激素的极性运输。



图1 co-IP结合shotgun LC-MS/MS技术发现PID与TWD1相互作用



图2 磷酸化蛋白质组学技术寻找ABCB1的磷酸化位点

参考文献

       Henrichs S, et al. Regulation of ABCB1/PGP1-catalysed auxin transport by linker phosphorylation. The EMBO Journal. 2012;31(13):2965-2980.

1、胶条鉴定结果中,如何挑选可信蛋白?

   在胶条鉴定中,鉴定蛋白的标准是至少含有一个unique peptide,列表中都是鉴定到的蛋白,并给出相应的得分。老师可根据得分,结合分子量、等电点等信息筛选目标蛋白。

2、IP或者pull-down后的蛋白浓度较低,是否可以做蛋白质谱鉴定?

  我们在进行质谱分析之前会将老师送来的样本进行质检,取小部分样品进行SDS-PAGE电泳,考马斯亮蓝染色,如果能明显看到蛋白染色条带即可做蛋白质谱鉴定。

3、胶条鉴定的结果中能否拿来进行定量分析

  胶条鉴定是一种定性分析,不是定量分析。如需要知道蛋白在一个样品中含量高低,可以根据每个蛋白的谱图数量进行粗略估计,谱图数越多,说明该蛋白丰度越高。如要对多个样品的同一个蛋白的含量进行比较,则建议通过iTRAQ或者label free的方法进行相对定量研究。






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