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基因表达调控 非编码RNA 外泌体非编码RNA

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外泌体是一种纳米级别的生物膜结构,机体的多种细胞能够分泌,广泛分布于唾液、血浆、乳汁等体液中。外泌体中包含蛋白质、 mRNA、 microRNA、细胞因子、转录因子受体等多种生物活性物质。其中,非编码RNA具有基因调节功能和靶向特异性,广泛参与个体发育、细胞增殖凋亡等生命活动,不仅可作为肿瘤、神经退行性病变、重大精神疾病的分子诊断标志物,甚至有潜力成为上述疾病的新治疗靶点。

适用范围

       1. 机理研究------基于特异性组织细胞来源的外泌体

       2. 分子标志物开发------血浆血清尿液等体液中的外泌体

       3. 肿瘤微环境研究

       4. ncRNA的互作研究

美吉优势

       1. 超微量建库方法,实现对外泌体mRNAmiRNAlncRNA等多种RNA的同时鉴定和功能分析

       2. 丰富的经验,成熟的实验流程,可靠的数据保障;

       3. 强大的超级计算平台搭配经验丰富的的生信分析专家团队;

       4. 从实验方案设计到后期数据挖掘,全面助力您的科学研究。


RNA样品

       total RNA:总量≥1ng/文库, 浓度≥0.1ng/μl,体积>15ultotal RNA可以保存在DEPC处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中,并注明具体的保存方式。

外泌体沉淀样品

外泌体沉淀体积需>15ul,每个样本提供≥4管。外泌体沉淀可以直接-80℃保存,也可以重悬在100ul 无核酸酶水、100ul PBS(细胞级)或1ml Trizol中,然后保存在-80℃,并注明具体的保存方式。 

建库测序

        建库:采用超微量建库试剂盒构建small RNA文库或LncRNA文库  


文库
SmallRNA文库
LncRNA文库
测序模式
SE50
PE150
数据量
10M
10G
分析对象
miRNA
lncRNA、mRNA

案例

缺氧口腔鳞癌细胞(OSCC)来源的外泌体,能在缺氧诱导因子HIF1αHIF2α参与下增加OSCC细胞的侵袭和迁移作用。已知外泌体能通过携带miRNA来改变细胞功能,通过测序发现miR-21在缺氧环境下表达显著上调,而细胞中缺失miR-21的情况下,外泌体中miR-21的丰度也显著降低,最终抑制细胞的迁移和侵袭作用。这表明缺氧微环境能刺激细胞生成更多富含miR-21的外泌体,并且这些外泌体将miR-21转移到正常氧含量的细胞中,促进预转移行为。

 

1 外泌体携带分子筛选及功能验证

参考文献:Li L, Li C, Wang S, et al. Exosomes derived from hypoxic oral squamous cell carcinoma cells deliver miR-21 to normoxic cells to elicit a prometastatic phenotype[J]. Cancer research, 2016, 76(7): 1770-1780.


案例二

体细胞和生殖细胞之间的通讯是卵泡发育过程中的关键因素。外泌体和微泡(囊泡EVs)存在于卵巢卵泡液中,并对卵细胞的功能产生重大的影响。尽管已有相关报道指出EVs中存在miRNA,但在囊状卵泡生长过程中囊泡的大小、浓度、及其内部各种成分的变化却知之甚少。该项研究取材牛卵泡不同生长阶段的卵泡液,运用高通量测序的方法首次证明了在囊状卵泡成熟过程中EVs的变化过程,指出了在卵泡中囊泡对细胞之间的通讯独特的调节方式。 

表1 不同大小卵泡中miRNA表达差异比较

 

参考文献:Navakanitworakul R, Hung W T, Gunewardena S, et al. Characterization and small RNA content of extracellular vesicles in follicular fluid of developing bovine antral follicles[J]. Scientific reports, 2016, 6.

1、外泌体中内容物与来源细胞有什么不同?

答:外泌体的膜同细胞一样,是磷脂双分子层。内含来源细胞的分子,包括一些蛋白、核酸、脂类。参与包括跨膜信号转导、物质内吞、脂质及蛋白定向分选等多种功能。但一些物质进入外泌体中是具有特异性的:如hnRNPA2B1能结合lncRNAmiRNA特异性的序列(GGAG/CCCU),进行主动包埋

2、外泌体测序对数据量有什么要求吗?

答:外泌体中small RNA测序我们一般推荐10M的数据量。外泌体中包含多种RNA分子,包括mRNAmiRNAlncRNA。但其种类相比于细胞中要少,另外是总丰度较低,RNA得率一般为微量级别。测序时10M的数据量就可以对外泌体中的miRNA进行高深度的覆盖。

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