美吉生物

生物培训班 培训班详情

2016年美吉生物信息分析培训班——多样性&转录组&简化基因组

开课时间:2016年07月25日—2016年09月09日
¥3000
报名截止日期: 开课名额: | 已报名:
课程介绍 课程表

主办单位:上海美吉生物医药科技有限公司

开课时间:2016年7月25-8月26号

开课地点:美吉生物上海总部:上海市浦东新区康新公路3399弄时代医创园3号楼

 

培训特色

      根据老师们需求针对性的开设“入门班”、“进阶班”。

      小班教学,1对1专人指导,保证教学效果。

      讲师拥有丰富的数据分析和软件研发经验。

      主题明确,针对性强。理论与实践结合,针对专题内容进行深入讲解。

      精心挑选上机软件,实用性强,方便学员课下独立操作。

收费标准

     “入门班”3000/人,含学费、资料费、培训期间午餐费;

     “进阶班”4000/人,含学费、资料费、培训期间午餐费。

       培训期间可协助安排住宿,住宿费用自理。

优惠政策

      学生执学生证享受9折优惠。

报名方式

       联系当地销售

       点击下载下方报名回执表,发送至邮箱jia.yu@majorbio.com

付费方式

       现金、支票、转账汇款

       账户信息

       名 称:上海美吉生物医药科技有限公司

       开户行:浦发银行张江科技支行

       账 号:97160154740003720

       名 称:上海桑格信息技术有限公司

       开户行:浦发银行张江科技支行

       账 号:97160154740009921

报到注册

报到时间:

       多样性入门班2016年7月24日,多样性进阶班2016年7月31日,

       转录组入门班2016年8月7日,转录组进阶班2016年8月14日,

       简化基因组班2016年8月21日

报到地点:上海市浦东新区康新公路3399弄时代医创园3号楼

联系方式

       联系人:余老师

       咨询电话:021-51875086-8157,15901949102

       E-mail:jia.yu@majorbio.com

       报名截止:本次培训名额有限,报名截止日期

       2016年7月20日(多样性入门班) 2016年7月27日(多样性进阶班) 

       2016年8月3日(转录组入门班)  2016年8月10日(转录组进阶班)

       2016年8月17日(简化基因组)

报名回执表下载

多样性入门班

日期

时间

课程

授课内容

7.25

08:30-11:30

Linux入门及基础操作

Linux介绍,常用命令使用、文本编辑器等

13:00-17:00

R语言基础及作图

R软件及R package安装,数据类型,基础语法,常用数据处理方法,常用绘图命令、绘图参数使用等

18:00

晚宴

7.26

08:30-11:30

微生物多样性研究概要

多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读

13:00-17:00

微生物多样性基础分析

常用分析软件及数据库介绍、序列质控、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等

7.27

08:30-11:30

微生物多样性标准分析

相关package安装,群落组成柱图,heatmap图,venn图分析等的实现

13:00-17:00

微生物多样性标准分析·续

宏基因组研究概要

相似度聚类树、PCA/PCoA分析及RDA/CCA分析等的实现

宏基因组研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

7.28

08:30-11:30

宏基因组分析

宏基因组分析流程和常用工具介绍

13:00-17:00

课程回顾、总结、答疑

适用于:

          具备微生物多样性分析基本理论知识;

          Linux系统或R语言零基础或薄弱基础;

          注: 有一定编程经验更佳!       

 

多样性进阶班

日期

时间

课程

授课内容

8.1

08:30-11:30

微生物多样性研究概要

多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读

13:00-17:00

微生物多样性基础分析

常用分析软件及数据库介绍、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等的算法、原理和实现

18:00

晚宴

8.2

08:30-11:30

R语言数据处理与绘图

数据采集,数据清洗,常规数据运算,常用R包介绍(ggplot2等),常用统计函数等

13:00-17:00

R语言数据处理与绘图

数据采集,数据清洗,常规数据运算,常用R包介绍(ggplot2等),常用统计函数等

8.3

08:30-11:30

微生物多样性标准分析

群落组成分析(柱图,heatmap图),群落比较分析(venn图),相似度聚类树及组合heatmap图等的算法、原理、参数调整和结果优化

13:00-17:00

微生物多样性高级分析

排序分析(PCA/PCoA分析,NMDS分析及RDA/CCA分析),stamp分析,cytoscape分析等的算法、原理、参数调整和结果优化

8.4

08:30-11:30

宏基因组研究概要

包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

13:00-17:00

宏基因组分析

宏基因组分析流程和常用工具介绍

8.5

08:30-11:30

宏转录组研究概要

包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等

13:00-17:00

宏转录组分析思路;

课程回顾、总结、答疑

宏转录组分析思路和常用工具介绍

适用于:

        具备微生物多样性分析基本理论知识;

        熟练使用Linux系统进行日常操作(查看,编辑,复制,删除,压缩,执行软件等);

        会使用R语言进行简单数据分析(了解数据类型,基础语法,文件读写,简单绘图命令等);

        有一定编程经验(了解数据类型,变量,表达式,循环,选择等)。

 

转录组入门班

日期

时间

课程

授课内容

8.8

08:30-11:30

转录组研究概述

第二代、三代测序技术介绍,转录组测序基本概念、实验原理及应用综述,普通转录组、互作转录组、比较转录组、全长转录组、单细胞转录组等。

13:00-17:00

linux操作系统入门

Linux软件安装,基本命令介绍,包括cp、mv、rm、mkdir、nano、wc等命令。

18:00

晚宴

8.9

08:30-11:30

生物信息分析常用数据库及在线分析软件介绍

常用数据库的介绍及常用在线分析软件的,包括NCBI、UCSC、ensembl、mirbase、rfam、NONCODE、blast、DAVID、PlantTFdb等。

13:00-17:00

R语言绘图入门

R语言数据处理以及基础绘图介绍。

8.10

08:30-11:30

mRNA研究应用及结果解读

转录组mRNA研究基本概念,研究思路、研究案例,有参/无参转录组、真核/原核转录组、链特异性转录组,相关分析结果解读。

13:00-17:00

mRNA分析实操

mRNA分析原理、分析流程介绍及重点分析步骤的实际操作演练,包括质控、组装、比对、差异表达分析、富集分析等。

8.11

08:30-11:30

ncRNA基础知识及研究进展

ncRNA概念,miRNA、lncRNA、circRNA概念及基本知识,研究进展、研究应用、研究案例,相关分析结果解读。

13:00-17:00

ncRNA分析实操

ncRNA分析原理、分析流程介绍及重点分析步骤的实际操作演练,包括microRNA质控、microRNA/lncRNA/circRNA预测、靶基因预测、ncRNA家族预测等。

8.12

08:30-11:30

转录组关联及高级分析

RNA-RNA研究思路,microRNA、mRNA、lncRNA关联分析、分析原理、研究案例,转录组高级/个性化分析介绍。

13:00-17:00

课程回顾及总结

课程回顾及总结,包括答疑、问卷调查等。

 

转录组进阶班

日期

时间

课程

授课内容

8.15

08:30-11:30

常用数据格式介绍

主要讲解生物信息分析常用的数据格式,主要包括fasta、fastq、gtf/gff、bed、vcf、sam/bam等。

13:00-17:00

linux操作系统进阶

主要讲解比较复杂的linux操作命令(sed、awk、grep、vi等)及shell编程。

18:00

晚宴

8.16

08:30-11:30

perl编程语言入门

主要讲解perl的基本语法、常用的数据结构。

13:00-17:00

perl编程语言进阶

主讲讲解perl复杂数据结构及其在转录组分析中的应用案例。

8.17

08:30-11:30

python编程语言入门

主要讲解python语法基础。

13:00-17:00

python编程语言入门

主要讲解python数据处理及在转录组分析中的应用实例。

8.18

08:30-11:30

生物信息分析高级软件实操

高级分析软件的基础知识介绍,包括IGV、Cytoscape、WGCNA、AI、primer等。

13:00-17:00

生物信息分析高级软件实操

高级分析软件的实际操作,包括IGV、Cytoscape、WGCNA、AI、primer等。

8.19

08:30-11:30

高级绘图

复杂数据处理以及高级绘图介绍,包括circos图、有向无环图、ggplot等。

13:00-17:00

课程回顾及总结

课程回顾及总结,包括答疑、问卷调查等。

 

简化基因组

日期

时间

课程

8.22

9:00-10:30

高通量测序的数量遗传方案

10:30-12:00

简化基因组分析基本原理

13:00-17:00

简化基因组测序实操

8.23

9:00-11:00

遗传图谱基本原理

11:00-12:00

JoinMap相关排图软件

13:00-17:00

Rqtl实操、MapQTL,WinQTLcart

8.24

9:00-10:30

BSA

9:00-10:30

遗传群体方案设计

13:00-17:00

BSA实操

8.25

9:00-10:30

群体多样性

10:30-12:00

PCA

13:00-17:00

群体结构、进化树

8.26

9:00-10:30

GWAS与选择性清除

10:30-12:00

选择性清除

13:00-16:00

GWAS

16:00-17:00

群体遗传学方案设计

说明

      以上课程内容可能会有微调,具体课程信息以实际上课为准。

     上机课程需学员自己携带笔记本电脑。

 

2016年美吉生物信息分析培训班——多样性&转录组&简化基因组

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